علی بن حسین در مدینه به دنیا آمد. بیشتر منابع، تاریخ تولد او را سال 38 هجری ذکر کرده‌اند؛ ولی منابع دیگر سال‌های 33، 36، 37 و 50 هم ذکر کرده‌اند.او دو سال در دوران امامت حضرت علی، 10 سال در دوران امامت امام حسن بن علی (امام دوم شیعیان) و یازده سال در دوران امامت پدرش حسین بن علی زیست.گفته می‌شود که مادر آن امام شهربانو، دختر یزگرد، آخرین پادشاه ساسانی بوده است.از اینرو آن امام ابن الخیرتان، پسر دو بهترین، (قریش در بین اعراب و ایرانی‌ها در بین غیر عرب‌ها) نام گرفته بود. بر اساس برخی روایتها مادر آن امام در زمان خلافت به عنوان اسیر به مدینه آورده شد که عمر می‌خواست او را بفروشد اما علی پیشنهاد داد تا از او بخواهند شوهر دلخواهش را از بین جوانان مسلمان انتخاب کند و جهازش را بیت المال بدهد. عمر این پیشنهاد را پذیرفت و شهربانو حسین پسر علی را انتخاب کرد